Un consortium de recherche international a entrepris de séquencer le génome de deux bactéries du groupe Polynucleobacter necessarius. Le but ? Comprendre la fonction écologique de ces dernières, et en apprendre plus sur l'évolution des bactéries.
De fait, les deux bactéries parentes, bien qu'appartenant à la même espèce, ont des modes de vie radicalement différents. L'une, endosymbiotique, vit en symbionte au sein de cellules de ciliés (ou ciliophora : protistes évolués, également appelés infusoires), et ne peut survivre hors de ces cellules-hôtes. L'autre, hétérotrophe, vit en toute indépendance, et prolifère dans les eaux de surface. Par ailleurs, cette seconde espèce a un rôle écologique important, compte tenu de sa distribution : des eaux douces non polluées, de tout type, peuvent contenir jusqu'à un milliard de ces bactéries par litre ; Polynucleobacter necessarius représente ainsi 60% du nombre de bactéries présentes dans les eaux douces pélagiques, et l'espèce a également été repérée dans des eaux souterraines.
Le projet, lancé par l'Académie autrichienne des sciences, est coordonné par Martin Hahn, de l'Institut de limnologie. Il réunit des scientifiques autrichiens (Martin W. Hahn), allemands (Wolfgang R. Hess, Université de Fribourg), italiens (Giulio Petroni, Université de Pise) et américains (Eric W. Triplett, Université de Floride et Katherine D. McMahon, Université de Wisconsin-Madison). Le Joint Genome Institute, propriété du Département américain de l'énergie, se chargera du séquençage, pendant que les autres scientifiques analyseront et compareront les génomes obtenus, pour y découvrir les modifications génétiques ayant permis l'adaptation de la bactérie à des modes de vie si distincts. Quant à Martin Hahn, il étudiera d'abord le métabolisme de la bactérie hétérotrophe et ses échanges avec le milieu, afin de cerner leur impact environnemental sur les eaux. La contribution de Polynucleobacter au cycle du carbone et au réchauffement climatique pourra alors être estimée.