Des scientifiques de la société Cellzome AG, du Laboratoire européen de biologie (EMBL) et du Centre de médecine moléculaire de l'Académie autrichienne des sciences (CeMM), ont analysé la structure du protéome de la levure, quatre ans après la publication de son génome.
Ils ont pu identifier 491 complexes protéiques, dont 257 jusqu'alors inconnus. Ces complexes sont des machines cellulaires, accomplissant une tâche donnée et dont les actions et interactions font vivre la cellule. Ils sont composés de multiples protéines et groupes de protéines et ceux-ci peuvent être actifs dans plusieurs complexes protéiques. Par conséquent, le fonctionnement cellulaire de la levure se révèle être modulaire : des protéines et groupes de protéines sont utilisés et réutilisés par divers complexes protéiques et participent ainsi à plusieurs tâches.
Partant des 6466 cadres de lecture ouverts précédemment identifiés (ORF, Open Reading Frame), les chercheurs ont isolés un maximum de protéines par co-purification par affinité (TAP, tandem-affinity-purification) et spectrométrie de masse. Ensuite, ils les ont regroupé informatiquement en complexes protéiques, en analysant une matrice d'indices de socio-affinité (et non en utilisant leurs structures tridimensionnelles, des connaissances préalables ou des résultats d'hybridation). Ces indices de socio-affinité, extraits des données produites par les co-purifications, doivent mesurer la tendance qu'ont deux protéines à s'associer.
Les complexes ainsi trouvés ont été séparés en complexes principaux (présents dans la plupart des partitions produites par l'analyse matricielle) et en modules attachés (plus rarement présents). Biologiquement, les complexes principaux correspondraient aux unités fonctionnelles, les modules attachés à des fonctions annexes (tel que le complexe Ski pour l'exosome). Par conséquent, de précieuses indications sur la fonction des protéines et les mécanismes cellulaires pourraient être tirées de cette étude, puis transposées à l'homme, qui partage beaucoup de complexes protéiques avec la levure.